Desde que empecé con la dirección de sitios Web, he estado trabajando con diferentes empresas que ofrecen afiliados (y sigo trabajando con varias), y hasta el momento, tengo que decir, que no he encontrado ninguna que me guste mucho. 
Hay muchas, tales como: AffiliateFuture, TradeDoubler, Zanox, Netfilia, NetAffiliation, Public-Idees, Adjal, Aedgency, affilinet, Argonas, Commission-Junction, Effiliation, Reactivpub, Webgains, ... no he probado todas, pero si muchas de estas y otras.

Con todas, y por mucho que te esfuerces, las ganancias son ínfimas con respecto al espacio que les dedicas en tu Web, por lo menos en los portales que yo gestiono (desde hace mas de 6 años), que en su mayoría no son de muchas visitas (máximo 20.000 al mes), aunque si de alta calidad, dado que la mayoría son proyectos relacionados con el Arte y la Cultura. Varios de ellos referentes de su sector.
Hace tiempo, se pagaba por CPM (coste por mil impresiones), que es algo parecido como pagar por la cantidad de  personas que ver los anuncios. Podríamos decir, que es lo mas parecido a la publicidad tradicional como la prensa escrita, la televisión, la radio, ... (Pago por audiencia)
Luego se paso al CPC (coste por click), que es el que mas se usa. Para entendernos, no solo tu visitante tiene que ver la publicidad, sino tiene que hacer click en ella. Es como si en la publicidad tradicional, pagan solo si los clientes van directamente al comercio que se publicita.
Muchas de las empresas de afiliaciones dicen que pagan por CPM pero en realidad esCPC, aunque ellos calcular el promedio de click por cada 1000 visitas. En realidad solo te pagan por los clicks.
Ahora, esta el CPA (coste por acción). No solo el navegante tiene que ver el anuncio, sino hacer click (entrar a la Web del anunciante) y allí realizar una acción como es comprar un producto, rellenar un formulario, suscribirse, ...
Imaginaros en la publicidad tradicional si fuese así. Cuanta gente cuando ve un anuncio va directo a la tienda y además compra algo.
Realmente algo de locos.
Pues cada vez en Internet, la corriente es esta. Al final nos va a tocar pagar por poner anuncios en nuestras Webs.

Creo que lo mas justo sería pagar un fijo mensual por un espacio publicitario en una Web (igual que un anuncio en prensa), el precio iría en relación a la importancia de la Web, no tanto al número de visitas, ya que no es lo mismo una Web de niños que tienen cientos de miles de visitas al día (pero no compran casi nada), que una página cultural o especializada en un tema (por ejemplo especializada en Medicina), que tiene menos visitas pero mejores.
Además del pago fijo, tendría que existir adicionalmente el pago por CPC y CPA, dado que si además de hacer publicidad de un producto (hacer marca), si consigues que tus visitas vayan al comercio y compren, que menos que llevarte un porcentaje.
Si las empresas que se dedican a las afiliaciones no cambian de política, no creo que así tengan mucho futuro. Menos mal que de momento esta Google Adsense que por lo menos da para pagar el hosting (ridículo pero cierto).